Nuevo informe de vigilancia de variantes de SARS-CoV-2 en CABA, Provincia de Buenos Aires, Santa Fe, Córdoba y Neuquén

El Consorcio Proyecto PAIS -creado desde el Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovación- presentó un nuevo informe de la secuenciación parcial del gen que codifica para la proteína Spike en muestras de CABA y Provincia de Buenos Aires (251 muestras), provincia de Córdoba (9) y Neuquén (20), y el genoma completo de muestras de la provincia de Santa Fe (23), en el período que va del 2 de marzo al 4 de abril de 2021.

Se identificó la variante 501Y.V1 (Reino Unido) en 54 casos. De estos, 37 corresponden a CABA y Provincia de Buenos Aires (22 CABA, cuatro GBA oeste, ocho Región Sanitaria Nº10 de PBA, tres Bolívar y 11 Olavarría), excepto por un caso con antecedente de viaje al exterior, el resto correspondería a infecciones adquiridas en la comunidad.

En Córdoba se detectaron otros cinco casos de la variante 501Y.V1 (Reino Unido), todos correspondientes a individuos con antecedente de viaje y en la provincia de Santa Fe se detectó un caso en un individuo sin antecedente de viaje o contacto estrecho con viajeros.

Respecto a la variante 501Y.V3 (P.1, Manaos) se identificó un total de 25 casos, los cuales 16 casos provienen de CABA y siete casos de Provincia de Buenos Aires (dos de La Plata, uno de Pilar, uno de Florencio Varela y tres de Olavarría), solo uno con antecedente de contacto con un viajero que regresó del exterior. En Córdoba se detectó un caso de la variante 501Y.V3 (P.1, Manaos) en un individuo con antecedente de viaje a zonas afectadas, mientras que en la provincia de Santa Fe se detectó un caso en un individuo sin antecedente de viaje o contacto estrecho con viajeros.

En la provincia de Neuquén no se detectó la presencia de variantes de preocupación en ninguna de las 20 muestras analizadas.

Frecuencia de variantes de SARS-CoV-2 y secuencias con o sin mutaciones de interés por semana epidemiológica.

Hasta el momento, sobre un total de 1246 muestras analizadas a través de la vigilancia activa, la variante 501Y.V1 (Reino Unido) se identificó en 80 casos -14 asociados a turismo, cuatro con nexo epidemiológico con casos confirmados de esta variante y 62 de origen desconocido-, y obtuvieron los genomas completos en 34 de ellas. La variante 501Y.V3 (P.1, Manaos) en 36 casos -tres de turismo, siete de contacto estrecho con viajeros, uno de contacto estrecho con un caso confirmado y 25 de origen desconocido- y se ha obtenido el genoma completo en 22 de ellas. La mutación S_E484K en forma aislada se detectó en 111 casos -35 de ellos confirmados como linaje P.2 (Río de Janeiro)- y las mutaciones S_L452R/Q/M en 113 casos -cuatro de ellas confirmados como variante CAL.20C (linaje B.1.427, California)-.

Hasta el momento, no se detectó la combinación de mutaciones característica de la variante 501Y.V2 (Sudáfrica).

Es importante destacar que se ha observado un aumento en la frecuencia de detección de las variantes 501Y.V1 (Reino Unido), 501Y.V3 (P.1, Manaos) y de la mutación S_L452Q en el AMBA en casos sin nexo epidemiológico con turismo durante las últimas semanas epidemiológicas, alcanzando frecuencias del 15,5% (CABA) y del 6,9% (GBA) para la variante 501Y.V1 (Reino Unido), 12,7% (CABA) y del 10,3% (GBA) para la variante 501Y.V3 (P.1, Manaos). Asimismo, en la última semana epidemiológica analizada (fin de marzo) se observó que más del 70% de los virus SARS-CoV-2 que circularon en el AMBA poseen mutaciones en Spike diferentes a las de los virus que circularon en la primera ola.

Por lo tanto, en caso de que las variantes 501Y.V1 (Reino Unido) y 501Y.V3 (P.1, Manaos) sigan la misma trayectoria que en distintos países donde se han establecido en circulación comunitaria, es esperable que aumenten su frecuencia en las regiones donde ya se observa circulación durante las próximas semanas hasta tornarse las variantes dominantes en las nuevas infecciones. Ante el aumento sostenido de casos, es sumamente relevante reforzar las medidas sanitarias de prevención de nuevos contagios (distanciamiento físico, ventilación de ambientes, lavado frecuente de manos, uso de barbijos) hasta la disponibilidad de vacunas para toda la población en mayor riesgo de padecer enfermedad severa por SARS-CoV-2.

El Consorcio Argentino Interinstitucional de Genómica de SARS-CoV-2 continuará realizando la vigilancia molecular, a fin de monitorear con rapidez la presencia a nivel local de variantes de interés epidemiológico internacional y la emergencia de variantes virales locales. A la par, se seguirán caracterizando los genomas completos de SARS-CoV-2 que han circulado desde el inicio de la epidemia en diferentes regiones del país.

Participaron del proyecto
Nodo secuenciación - Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez (HNRG); Nodo secuenciación y análisis UGB-INTA; Nodo de secuenciación de Córdoba (IPAVE-INTA-CIAP); Nodo de secuenciación del IDICaL (Instituto de Investigaciones en la Cadena Láctea) del INTA-CONICET de Rafaela (Provincia de Santa Fe); Nodo evolución. En Nodos de toma y procesamiento de muestras clínicas participaron Laboratorio de Virología, Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez (CABA); UFU Hospital Rivadavia (CABA); Laboratorio de Biología Molecular, Hospital Cosme Argerich (CABA); Laboratorio de Hospital El Cruce Dr. Néstor C. Kirchner (Florencio Varela, provincia de Buenos Aires); Laboratorio del Hospital Interzonal General de Agudos “Evita” (Lanús, provincia de Buenos Aires); Laboratorio de Virología, HIEAyC "San Juan de Dios" (La Plata, provincia de Buenos Aires); Laboratorio de Virología Molecular – Hospital Blas L. Dubarry (Mercedes, BA); Departamento de Ciencias Básicas – Universidad Nacional de Luján (provincia de Buenos Aires); Laboratorio de Diagnóstico-UNIDAD COVID- Universidad Nacional de Hurlingham (Hurlingham, BA); Laboratorio de Biología Molecular. Hospital Dr. Héctor Cura (Olavarría, provincia de Buenos Aires); Laboratorio de Biología Molecular Bolívar (LABBO, de la PBA); Laboratorio Central (Santa Fe; provincia de Santa Fe); Laboratorio Central de Neuquén, Ministerio de Salud (Neuquén, provincia de Neuquén) Laboratorio Central, Ministerio de Salud de la provincia de Córdoba; Instituto de Virología “Dr. J. M. Vanella” Facultad de Ciencias Médicas - Universidad Nacional de Córdoba; COE COVID -Epidemiología, Ciudad de Buenos Aires.

Proyecto PAIS
Creado desde el Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovación de la Nación, el Consorcio interinstitucional para la Secuenciación del genoma y estudios genómicos de SARS-CoV-2 (Proyecto PAIS) está conformado por grupos de investigación de diferentes instituciones con el objetivo de secuenciar el genoma y realizar demás estudios genómicos del SARS-CoV-2.

Coordinado por la Dra. Mariana Viegas del Laboratorio de Virología Hospital de Niños Ricardo Gutiérrez, el equipo trabaja articulada y colaborativamente para realizar estudios genómicos de SARS-CoV-2 en nuestro país y aportar tanto al conocimiento local como a la base de datos global de circulación viral GISAID (Global Initiative on Sharing All Influenza Data). Entre sus objetivos se encuentran la secuenciación de los genomas circulantes de SARS-CoV-2 en distintas regiones de nuestro país, el análisis a gran escala de secuencias, ensamblado de genomas, análisis filogenéticos y filogeográficos, epidemiología y evolución molecular.

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Reporte N°19 Proyecto PAIS_CABA, Provincia de Buenos Aires, Santa Fe, Córdoba y Neuquén (1.3 MB)